Resztki świątyni znajdują się w zachodnie (załebskiej) części miasta, przy leśnej drodze do plaży (dojście od ulicy Turystycznej). Kościół ów mieścił się przed wiekami w samym centrum dawnego miasta - na rynku. Po podjęciu decyzji o przeniesieniu Łeby na wschodnią stronę rzeki, jeszcze przez jakiś czas funkcjonował, w nowym zaś miejscu znajdowała się tylko kaplica. Pod koniec XVII wieku, po pożarze, który zniszczył tę kaplicę, rozpoczęto w nowej Łebie budowę istniejącego do dziś kościoła. Bardzo prawdopodobne, że częściowo wykorzystano tam cegły ze starej świątyni, pozostawiając tylko jej fragmenty na pastwę ruchomych piasków. Pod koniec XIX wieku wydmy przesunęły się dalej na wschód i odsłoniły jej ruiny. 

Z uzyskanych przez nas konkretniejszych informacji wynika, że nie zachowały się żadne widoki tego kościoła. Jedno jest pewne - była to budowla dość masywna, choć niekoniecznie dużej wielkości, o czym świadczy zachowana ruina. Po sztormie z roku 1570 przez 2 lata trwał proces translokacji miasta na obecne miejsce. Schultz podaje, że mimo przeniesienia miasta, w dalszym ciągu w św. Mikołaju odprawiano nabożeństwa. Można założyć, że przestano je odprawiać po roku 1586, kiedy to przy dzisiejszej ul. Pow. Warszawy wybudowano wspomnianą już wyżej kaplicę. W roku 1590 przeprowadzono wizytację opuszczonej świątyni. Oryginalny dokument z tego wydarzenia był przechowywany w archiwum parafialnym do 1945 roku. Była w nim mowa  między innymi o uszkodzeniu dachu we frontowej części budynku, który przeciekając, zagrażał konstrukcji wieży. Niemniej jednak stwierdzono, że część drewna i cegieł nadawało się do rozbiórki i ponownego użycia przy budowie kościoła w przeniesionym mieście. Nowa świątynia, wzniesiona na miejscu kaplicy, została zbudowana z pruskiego muru i po 90 latach spłonęła w pożarze. (przyp. Stowarzyszenie FotoExploracje Lębork)

W 2014 roku  miejska biblioteka zaprosiła grupę studentów do udziału w konkursie "Zasypane miasto", który odbył się w ramach Europejskich Dni Dziedzictwa 2014. Wynikiem ich pracy była próba odtworzenia życia dawnego miasta za pomocą animacji.

- Sprawa nabiera rozpędu i cieszy się dużym zainteresowaniem. Mamy nadzieję, że uda się znaleźć wykonawcę prac i już niedługo dowiemy się do kryją te tajemnicze tereny - mówi Marek Glegoła, prezes Towarzystwa Historii Łeby pod Patronatem św. Mikołaja.

We wrześniu 2015 roku rozpoczęły się prace archeologiczne, gdzie w pobliżu ruin kościoła archeolodzy odkryli średnioweiczne cmentarzysko. 

Archeolodzy prowadzili badania na obszarze 50 m kw tuż przy ruinach kościoła św. Mikołaja. Wykop założono w takim miejscu po to, by potwierdzić jak rozplanowana była budowla. Do tej pory nie było do końca pewne, jaką częścią kościoła jest ta zachowana ściana. - Podejrzewamy, że świątynia mogła być już na obrzeżach Starej Łeby. Odsłoniliśmy właśnie fragment narożnika kościoła oraz fragmenty posadzki. Do tej pory znaleźliśmy 8 szkieletów pod poziomem posadzki. Niektóre z nich są w bardzo dobrym stanie - opowiada Patryk Muntowski, kierownik badań. Zdaniem archeologów większość szczątek pochodzi jeszcze z średniowiecza, ale jest też kilka nowożytnych. Na razie trudno ustalić, kiedy dokładne doszło do pochówku. Prawdopodobnie było to już po zasypaniu kościoła przez wydmę. 

Wśród szczątek nie brakuje też tych należących do dzieci. Jedno z nich w chwili śmierci miało około 10 lat. Szkielet jest dobrze zachowany. Zdaniem archeologów to dość ciekawe i rzadkie znalezisko. Dlaczego? - Ciało było celowo przygniecione cegłą i jesteśmy pewni, że nie dostała się ona do jamy grobowej przypadkowo. Po przeanalizowaniu wszystkich danych będziemy w stanie określić czy mamy do czynienia z tak zwanym pochówkiem "antywampirycznym"- tłumaczy Muntowski. 

Badania sondażowe z początku września miały głównie na celu zabezpieczenie ruin kościoła św. Mikołaja. Archeolodzy mają też na ich podstawie przedstawić jak mogłyby wyglądać dalsze wykopaliska. Liczą również, że przy okazji uda im się odnaleźć zasypaną przez wydmy tzw. Starą Łebę nazywaną polskimi Pompejami. - Na razie trzeba zabezpieczyć ruiny tak, żeby turyści mogli je też oglądać. Zobaczymy w jakim kierunku pójdą nasze badania. Moim zdaniem są rozwojowe. Z tego co wiem to miasto ma plan zabezpieczyć pozostałości kościoła i ochronić go przed degradacją. Turyści będą mieli dostęp do tego miejsca - dodaje Muntowski.